Ägyptologie wird in Köln als Teil der Kultur- und Sozialwissenschaften verstanden. Neben der Erschließung neuer Funde spielt die Theoriebildung eine wichtige Rolle in Lehre und Forschung. Dafür werden traditionelle Methoden der Archäologie und Textwissenschaft mit Fragestellungen der Anthropologie und neuen Kulturgeschichte verbunden. Die Forschungsschwerpunkte liegen auf den klassischen Epochen der Pharaonenzeit (ca. 3000 bis 1000 v. Chr.), den Tempelinschriften aus der griechisch-römischen Zeit und den Heritage Studies.

Erster Lehrstuhlinhaber der Kölner Ägyptologie war der Literaturwissenschaftler Alfred Herrmann (1965-1967). Unter der langjährigen Leitung von Philippe Derchain (1968-1992) entwickelte sich ein Forschungsschwerpunkt auf den spätzeitlichen Texttraditionen, gepaart mit einer breiten kulturwissenschaftlichen Ausrichtung. Derchains Nachfolger Heinz-Josef Thissen (1992-2005) war einer der führenden Forscher auf dem Gebiet der demotischen Textüberlieferung. Françoise Labrique (2005-2015) setzte mit der Erforschung der ptolemäischen Tempelinschriften die spätzeitliche Tradition in Köln weiter fort. Mit der Berufung von Richard Bußmann (seit 2016) hat sich das Profil um die Sozialanthropologie und die materielle Kultur der pharaonischen Epochen erweitert.